1986 erreichte der Förderverein Nordsee-Museum e.V. in Gesprächen mit dem Alfred-Wegener-Institut, hier besonders mit Herrn Prof. Dr. Hempel, wenigstens eine minimale Öffnungsregelung zu finden. Danach war das Museum an einem Sonntag im Monat (während der Ferien jeden Sonntag) von 14 - 18 Uhr für das Publikum zugänglich. Ein Eintrittsgeld wurde nicht erhoben. Die Aufsicht erfolgte ehrenamtlich durch Mitglieder des Fördervereins.

1987 wurden die mittleren Vitrinen in Saal 1 an die Seite gerückt und die Freifläche mit Stühlen ausgestattet. Der Raum wurde  als "Hörsaal Nordsee-Museum" deklariert und auch für Vorträge genutzt. Nur durch diese Umnutzung konnte das AWI die Kosten für Reinigung und Heizung übernehmen.

Als das Alfred-Wegener-Institut weiter expandierte, wurden die Räumlichkeiten als Arbeitsplätze für Doktoranden gebraucht. 1999 wurden die Exponate von einer Fachfirma unter Aufsicht des Überseemuseums Bremen abgebaut, verpackt und in einer angemieteten Halle im Fischereihafen eingelagert. Dies bedeutete das vorläufige Aus für das Nordsee-Museum.