Die Suche nach einem neuen Standort für das Nordsee-Museum gestaltete sich schwierig. Viele Ideen kamen auf den Tisch, wobei einige sich als nicht realisierbar erwiesen und schnell verworfen wurden. Andere wurden über Jahre verfolgt und sogar mit aufwändigen Planungen konkretisiert. Meistens scheiterten sie an der Finanzierung. Hier einige Beispiele:

• 1989 wurde erstmals der Vorschlag erörtert, das Museum mit dem Zoo am Meer zu kombinieren. Der damalige Zoodirektor Dr. Wandrey erarbeitete ein Konzept für einen "Evolutionszoo". Ein Bremer Architekturbüro erstellte dazu im Auftrag der Stadtverwaltung einen detaillierten Plan. Dieser wurde 1994 der Öffentlichkeit vorgestellt. 1997 wurde die Planung mangels Geld endgültig eingestellt.
• 1999 kam das damals leer stehende Weserforum im Columbus-Center ins Gespräch. Aus dem Nordseemuseum sollte ein "Nordsee-Science-Center" werden. Nach längerem Leerstand wurde das Weserforum verkauft und beherbergt heute eine Ladenpassage.
• 2001 wurde das historische Hydraulikgebäude nahe der Kaiserschleuse angeboten, obwohl es zu der Zeit vom Förderverein Deutsches Auswanderermuseum belegt war. Der Plan zerschlug sich.
• 2003 favorisierte die Stadt die alte "Tischlerei" auf dem Gelände der Firma Rogge-Stahlbau hinter dem Weserdeich. Das Gebäude sollte denkmalgeschützt werden. Wegen anderweitiger Verplanung des Geländes wurde das Haus abgerissen. Die Baumaterialien wurden für einen späteren Wiederaufbau eingelagert. Mittlerweile sind die Steine anderweitig verbaut, u.a. im Nordsee-Aquarium.
• 2007 wurden Pläne für ein neues Nordseemuseum in Gebäudeteilen des früheren Kistner-Kalksandsteinwerkes erstellt. Das Konzept beinhaltete einen großen Mitmach-Bereich für Besucher und Schulklassen. Es wurde eine detaillierte Animation der Planungen angefertigt. Leider konnten die nötigen finanziellen Mittel nicht aufgebracht werden. Das Kistner-Gelände liegt noch heute brach.
• 2010 konkretisierten sich Pläne, das Nordseemuseum im Forum Fischbahnhof am Schaufenster Fischereihafen unterzubringen. Die Umgestaltung des gesamten Forums war fest eingeplant. Die angedachte Museumspräsentation wurde auf eine Sonderausstellung reduziert unter Beteiligung des Nordseemuseums. Ein Magazin für nicht ausgestellte Sammlungsbestandteile konnte bis heute nicht realisiert werden.